遗传因素、内分泌因素、环境因素以及生活方式等，都会增加女性患卵巢囊肿的风险。有卵巢肿瘤家族史的患者，患卵巢囊肿的概率会比其他女性大。
同时，卵巢如果生成过量的雄激素，也有可能会导致卵巢囊肿。
环境因素包括食物污染，例如食用含植物生长激素的蔬菜以及被激素饲养的家畜家禽，滥用具有减肥、抗老、丰乳等功效的激素类滋补品及药品，也有可能会引发卵巢囊肿，而生活方式因素包括长期过大的心理压力、不良的生活习惯及饮食结构等。