对于没有症状或者比较小的虹膜囊肿，可以不需要治疗，密切观察。如果是虹膜囊肿引起前房炎症渗出，可局部给予糖皮质激素药物用药治疗。如果引起继发性青光眼，则需要积极治疗，降眼压用药或手术治疗。
对于浆液性囊肿比较小，可以用激光击穿囊壁，但容易复发。药物治疗无效，可以手术治疗，经角膜缘切口，做包括整个囊肿在内的虹膜切除术。
虹膜囊肿包括先天性和继发性的虹膜囊肿，继发性虹膜囊肿可能是外伤植入性、药物性、寄生虫性的虹膜囊肿。