沙眼急性期可以出现畏光、流泪、异物感、比较多的粘液或粘液脓性分泌物。
慢性期，可能会出现眼睛痒、异物感、干燥和烧灼感，角膜缘出现滤泡，发生瘢痕化改变，尤其是结膜面形成瘢痕。
晚期容易发生睑内翻与倒睫毛，上睑下垂，睑球粘连，角膜浑浊，实质性的结膜干燥症，慢性泪囊炎等等并发症，导致症状加重，可严重影响视力，甚至失明。
成人沙眼为亚急性或急性发病过程，早期即出现并发症。幼儿患沙眼，症状隐匿，可以自行缓解，不留后遗症。