曲霉菌病的症状取决于感染的严重程度、感染的类型等有关。例如有曲霉球的患者，其临床症状不典型，偶尔咳嗽，仅于体检时发现。但大部分肺曲霉菌病的患者多可以出现明显的咳嗽咳痰，可咳出脓性粘稠的痰液。患者可以出现不同程度的胸闷胸痛等不适。部分患者还可以出现咯血的现象，多为痰中带血，偶有大咯血的发生。
部分患者还可以出现发热，多为低热到中度发热为主，少有高热。部分患者因曲霉菌诱发变态反应，形成变异性的肺曲霉菌病，患者此时胸闷、气急、呼吸困难比较明显。
故曲霉菌病的症状并无明显的特异性，患者多需要结合其临床症状、痰培养结果以及胸布影像学ct的改变，以及相应的血检等来综合判断是否为肺曲霉菌病。