食管囊肿可以通过内镜摘除。
食管囊肿可以向食管内和食管外两个方向生长，如果食管囊肿比较小，而且是向内生长可以通过内镜的方式进行手术治疗。如果食管囊肿比较大，食管囊肿是向管外或者是两个方向生长，通过内镜就无法将食管囊肿完全摘除，需要通过外科手术的方法进行手术治疗。
食管囊肿在治疗之前要注意进行病情评估，了解食管囊肿发生的部位以及大小，决定如何对食管囊肿进行治疗。食管囊肿属于食管的良性病变，先天性发育不良和后天性的因素都有可能会导致食管囊肿的发生。病情严重程度和食管囊肿的大小有关。