肛门有脓液流出，首先就是要到肛肠科进行就诊，主要的目的就是了解有没有肛门周围脓肿或者是肛瘘的情况。
肛门周围脓肿和肛瘘都是属于感染化脓性的疾病，会使肛门周围的组织发生坏死，并且会有脓液的形成，可以表现为脓液的流出。另外也要排除是不是由于肠道内的黏膜组织发生了病理性的改变，出现了糜烂的情况，也可以发生肛门流脓液的情况。
另外就是排除有没有直肠黏膜下的脓肿，还得排除有没有肠息肉、肠道肿瘤等增生性的疾病存在，肛门有脓液流出，通过肛门局部的指诊，肛门镜的检查，可以初步判断，必要的时候可以进行电子纤维结肠镜的检查。