真菌性角膜炎疾病缓慢、病程较长，可长达数月，具体治疗时间要根据患者的病情以及对药物的敏感性而定。真菌感染导致的角膜炎，可以引起不同程度的角膜损害，导致患者明显的视力下降。
由于感染的真菌种类不同，患者角膜炎病情轻重程度不一，比如曲霉菌属感染导致的角膜炎患者症状相对较轻，发生角膜溃疡、角膜穿孔等并发症的几率低。
丝状真菌穿透力较强，可以继发青光眼、并发白内障以及真菌性眼内炎，病情较重，严重危害患者视力。