克罗恩病在病情活动期，要口服以下药物治疗：第一、柳氮磺吡啶；
第二、糖皮质激素；
第三、免疫抑制剂，比如硫唑嘌呤。这些药物适用于对激素治疗无效或者对激素依赖的患者，加用这类药物以后，可以逐渐减少激素的用量；
第四、抗菌药物，比如喹诺酮类、甲硝唑类；
第五、生物制剂如英夫利昔单抗，目前应用比较广泛，治疗效果也比较好。
其次要对症治疗，比如纠正水电解质的紊乱，贫血的患者可以输血，低蛋白血症的患者可以输入血清白蛋白，腹痛、腹泻的患者可以酌情使用抗胆碱药物或者止泻药。对于药物治疗效果不好，或者已经出现并发症，如完全性肠梗阻、急性穿孔等，需要手术治疗。