下颌骨角化囊肿的治疗是手术切除。由于囊肿呈浸润性生长，囊壁内可能会有子囊存在，造成囊肿极易复发，手术切除囊肿时常将波及的牙槽骨和牙齿一并去除，缺损的骨质通过植骨解决。
但是，如果角化囊肿范围较大，手术切除牙槽骨后造成的创伤太大时，可以考虑先进行囊肿开窗减压术。这种手术的目的是开窗引流，让囊肿缩小，甚至消除，这样能更少切除牙槽骨，甚至完全不用切除牙槽骨，较好的保留了颌骨的完整性，对美观和功能起到了很好的维持和保护。
近年来，负压引流术有效减少传统手术的病发症，逐渐被应用于角化囊肿治疗，这种手术对囊肿有很好的缩小和消除作用。