阴囊根部到肛门疼，一般和尿道海绵体损伤导致尿道充血压迫尿道神经有关。
例如在患有急性尿道炎，或者前列腺炎，前列腺增生后，就容易引起尿道海绵体损伤，从而引起阴囊根部到肛门疼痛。另外，输精管狭窄或者输精管堵塞，也容易引起这些部位疼痛。因为输精管从尿道和阴茎海绵体部位经过，输精管堵塞后，会引起输精管肿胀，压迫尿道和阴茎海绵体，从而引起阴囊和肛门部位疼痛。
建议做前列腺超声尿道超声和尿常规检查，明确具体病因。确诊后，积极对症治疗。存在该症状后，建议经常坐热水浴，这样可以减轻疼痛症状。