肛门边上长个疙瘩疼，可能是以下原因：
1.感染性的疾病。例如肛门周围毛囊炎、肛瘘以及肛周脓肿等，均会导致肛门边上长个疙瘩，并且伴有疼痛症状，肛瘘还会表现为伴有反复的流脓症状。
2.痔疮。多见于外痔急性发作，例如血栓性外痔或者炎性外痔，也可能是混合痔或者内痔脱出并伴有嵌顿，从而导致局部循环障碍而引发疼痛症状，但痔疮一般位于肛门缘。
3.肛门周围的赘生物。例如尖锐湿疣、扁平疣等，当其局部出现炎症时，也会伴有疼痛症状。
4.肛门周围的恶性肿瘤，一般质地坚硬，会伴有糜烂或者溃疡，也会伴有疼痛症状。