胆道感染多为革兰氏阴性杆菌，比较常见的是大肠杆菌。一般可以选择的抗生素以头孢类为主，如头孢他定、头孢哌酮、头孢曲松等；也可以选择喹诺酮类的药物，如左氧氟沙星。
但是，在使用头孢类药物治疗的时候，需要先做过敏试验。试验阴性，可以正常使用头孢类药物。如果是阳性，存在过敏的情况，需要及时地更换。
对于一些严重的胆道感染患者，可能需要选择联合使用抗感染药物，或者选择碳青霉烯类的药物来进行抗感染治疗。在使用抗生素治疗的时候，一定要在医生的指导下进行。