肛周脓肿和肛瘘并不是一回事，但两个疾病关联比较紧密。临床上绝大多数的肛瘘都是由于肛周脓肿演变而来的，所以目前的理论也认为两者是同一疾病的两个不同阶段。
其中肛周脓肿是处于急性感染阶段，临床症状主要表现为局部的红肿疼痛，有些还会伴有发热等全身症状。当肛周脓肿破溃或者经手术切开引流后，就会发展成为肛瘘，进入慢性感染迁延阶段，肛瘘会表现为肛门周围反复的肿痛以及流脓症状，是因为肛瘘瘘管出现反复感染所导致的。
两个疾病均需要通过手术治疗才能完全治愈。