有严重的心功能不全以及呼吸功能不全的病人，反复发作心绞痛以及严重的心律失常，和主动脉瘤等患者是不能进行胃镜检查的。
全身情况极度衰竭以及休克和恶液质的病人，还有咽喉部以及呼吸道疾病的病人，要根据病人的一般情况和病情决定是否进行胃镜检查。
对于急性腐蚀性食管炎、胃炎，还有食管和胃十二指肠穿孔的急性期的病人，神志不清以及昏迷，或者是精神病人不能配合胃镜检查者，有严重的凝血和出血障碍，以及哮喘发作期，急性的心肌梗死病人和严重的脊柱畸形患者，是不适宜进行胃镜检查的。