肛周脓肿有可能会出现复发。
首先，如果肛周脓肿是经用药保守治疗，控制了局部的感染症状，虽然症状消失，但由于有内口存在，所以，后期还是有可能会出现再次感染而引发肿痛症状。
其次，如果肛周脓肿是行单纯切开引流术，就有可能发展成为肛瘘，也会导致局部反复的肿痛和流脓症状，需要再次行肛瘘根治性手术才能完全治愈。
再次，即使肛周脓肿行一次性根治术，如果在术中遗漏了内口的探查，也有可能导致术后发展成为肛瘘而复发。
目前由于临床医生手术经验的积累，大多数肛周脓肿均行一次性根治术，术后复发的概率比较低。