原发性虹膜囊肿多见于年轻人或中年人，也可以在出生后数月出现，分为三期，无症状期，患者无任何症状或者视力减退。刺激期，有虹膜炎的表现，红、痛、畏光流泪，视物模糊。青光眼期，眼球胀痛。
发生于色素上皮的虹膜囊肿为深棕色圆形或椭圆形囊性小体，透照实验阳性。外伤植入性虹膜囊肿，前者囊肿壁菲薄，囊腔内含淡黄色液体。囊肿常增大，导致前葡萄膜炎和继发性青光眼。炎症渗出性和寄生虫性虹膜囊肿可伴有前房的炎症反应，出现眼红、眼痛，畏光流泪等等症状。