治疗卡氏肺囊虫病一般要使用磺胺类药物进行治疗，同时提高身体的抵抗能力、加强营养，进食一些富含蛋白质的食物如牛奶、牛肉、瘦肉、鱼肉提高身体的抵抗能力，使疾病尽快得到缓解。
如果合并细菌感染，出现发烧、咳嗽、咳黄脓痰，要根据痰培养药敏的结果，积极的抗炎抗感染治疗。
如果出现缺氧的情况，要给予患者吸氧，症状严重时，要使用呼吸机辅助通气，改善患者的缺氧，同时，加强对症支持处理。咳嗽、咳痰明显时，服用止咳化痰的药物对症处理，避免受凉，注意保暖。