一般情况房间隔缺损经过手术治疗不会留下有后遗症。但如果在手术治疗过程中，伤及到心脏的神经传导系统、心脏的血管等就有可能会留下有心律失常等后遗症。
其次在房间隔缺损口封堵位置有可能会有血栓形成，所以通过手术治疗的房间隔缺损的患者，术后应该按照医嘱服用相关的抗血小板聚集、抗凝的药物，以预防血栓形成，造成栓塞。
所以虽然房间隔缺损能够通过介入手术或者是外科开胸手术等方式治愈，但治疗手术后仍需要定期的复查，以免出现有并发症。