非结核分枝杆菌和结核杆菌属于不同种类的分枝杆菌，非结核分枝杆菌较结核杆菌包括了更多种类的菌种，它是指除了结核分枝杆菌和麻风分枝杆菌以外的一组分枝杆菌。例如有鸟-胞内分枝杆菌复合群、脓肿分枝杆菌等。
非结核分枝杆菌发病多是慢性疾病，它多是条件致病菌，它的毒力和致病性较结核分枝杆菌要弱一些。非结核分枝杆菌的感染者多伴有基础疾病、免疫力下降等高危因素。非结核分枝杆菌的耐药率要明显高于结核杆菌，此类患者多需要4到5种以上的抗结核药物和抗生素的联合治疗。而且，此类患者治疗时间也较结核杆菌要明显长很多。
故对于有结核杆菌存在时，要早期进行菌种的鉴定。