克罗恩病会导致腹痛。克罗恩病消化道的主要表现就是慢性腹泻和腹痛，大约70%的患者在确诊前就存在有腹痛。腹痛的位置多在右下腹或者是脐周，呈间歇性发作，一般是痉挛性的腹痛，伴有肠鸣音亢进。腹痛在进餐后加重，排便、排气后可以缓解。
腹痛发生的原因目前尚不清楚，可能与肠腔的内容物通过狭窄部分的肠管时引起肠壁的牵张，导致的腹痛，有的时候甚至可以伴随有呕吐。此外，克罗恩病患者肠壁的肌间神经丛受到炎症的影响，可以引起神经功能紊乱，也可以导致腹痛。
克罗恩病其他的表现还有慢性腹泻，是最常见的症状，多为糊状便，有的时候可以伴有黏液脓血便。也可以伴有体重减轻、发热、食欲不振、疲劳和贫血等全身的症状，有的青少年可以伴有生长发育迟缓。