房间隔缺损的手术方式有两种，一种是介入微创治疗，属于比较小的手术。如果不适合介入治疗，需要开胸治疗的房间隔缺损手术，则属于比较大的手术。
介入微创手术只适用于二型房间隔缺损，也就是中央孔型的房间隔缺损。而且房间隔缺损不能太大，房间隔缺损的周围边缘是适合介入治疗，并且没有肺静脉的畸形引流的情况。
如果二孔型房间隔缺损不适合介入治疗或者是属于一型的房间隔缺损，或者是合并了其他需要手术的先天性心脏病，则需要进行开胸手术，属于比较大的房间隔缺损手术。