盲袢综合症主要见于胃切除、胃肠吻合术后，因可影响肠道对营养物质的吸收，可引起营养不良、体重减轻及缺铁性贫血；同时大量的维生素B12被细菌消耗，可造成维生素B12缺乏引起的大细胞高色素性贫血，或存在混合型贫血。
肠道细菌影响人体对氨基酸的吸收以及蛋白丢失，可出现营养不良性水肿，袢内细菌的分解作用，因影响脂肪微粒的形成而妨碍脂肪物质的吸收，所以可以出现脂肪泻和水样泻；还有因慢性不良刺激，易并发结肠的肿瘤及炎症。