出现顽固性头痛的时候应针对病因进行治疗：
首先，血管神经性头痛也是顽固性头痛的一种，疼痛会反复发作需要进行预防治疗以改善症状，例如偏头痛在发作前可以在医师的指导下服用药物预防发作，常用的药物主要为氟桂利嗪等，同时在饮食上应避免使用能诱发偏头痛的食物，例如辛辣刺激的食物等。
其次，长期使用止痛药物会引起药物过量性头痛，这种头痛也会反复发作；发作后服用止痛药物会使病情迁延，需要使用其他类型的药物进行替代；出现顽固性头痛还要排除颅内占位性病变的可能。