阿米巴病主要包括阿米巴肠病和阿米巴肝脓肿，可以结合血清学检查、电子结肠镜检查、大便常规检查、腹部影像学检查，以及细胞学和病理检查结果进行诊断。
如果出现疑似阿米巴肠病的表现，比如腹痛，解果酱样大便，可以化验大便，如果大便中查到阿米巴滋养体，可以明确阿米巴肠病的诊断。如果大便中没有查到阿米巴滋养体，可以做电子结肠镜检查，镜下直接可以看到肠黏膜上的病灶，还可以取病灶处的组织做病理检查。如果显微镜下看到阿米巴滋养体，也支持阿米巴肠病的诊断，还可以做免疫血清试验分离抗原和抗体，抗原或抗体阳性，也能明确诊断。
如果出现疑似阿米巴肝脓肿的表现，比如高热、寒战、肝区痛，做腹部彩超或CT可以看到肝脏上有脓腔，还可以在彩超引导下行脓肿穿刺。如果脓液中找到阿米巴滋养体，可以明确阿米巴肝脓肿的诊断。