甲状舌管囊肿患者常见的症状和体征是在颈部正中线，舌骨上下的位置上见一缓慢长大的囊性肿物，大小如核桃般，无症状，与周围组织界限清楚，质地较软，有的囊肿可伴随吞咽和伸舌的动作发生移动。
一般没有自觉症状，一旦发生感染或者是引起舌根部肿胀，可以伴有吞咽困难、言语不清，甚至影响呼吸。
囊肿感染自溃或切开时可以形成瘘管，甲状舌管囊肿穿刺检查是可以抽出淡黄色或透明的胶冻状液体。甲状舌管囊肿的治疗是手术切除，关键是将累及的舌体中分一起切除，以防止疾病复发。