直肠瘘并不能单纯通过药物治疗能够治好，这主要是因为影响肠道愈合的主要因素是营养和感染。
因此，无论是保守治疗，还是手术治疗，首先都应给予充足的营养及充分的引流，控制感染。等瘘口的水肿消退之后，如果瘘口较大，后期则需要手术切除瘘口，重新吻合，将肠管重新接起来。假如是一些较小的瘘口，可以慢慢的自己生长愈合。
但是，如果营养无法满足瘘口生长或感染无法得到控制，瘘口则无法自愈，并有可能进一步扩大。