起床后头两侧疼的原因如下：
1.如果在晚上睡觉时，睡觉姿势不正、枕头过高、环境比较封闭等因素，均可导致在早晨起床后头部的两侧疼痛，但头痛的时间不会太长，会自动消失，只是偶尔出现，一般不需要进行特殊治疗。
2.如果在晚上睡觉时头部着凉，会导致脑部的神经受到刺激，在早晨起床后就会出现头痛的症状。
3.如果患有一些脑血管疾病，在起床后也可引起疼痛，比如轻微的脑出血、脑梗塞等，通常还伴有头晕、肢体乏力等症状，并且持续时间较长，不会自行缓解。