早上睡醒会头疼的原因，大致包括以下两个方面：
1.由于睡眠时间不足或者睡眠过程中多梦、易醒等睡眠质量不好，导致大脑神经功能障碍，脑供血不足，表现出上述不适症状。
2.身体素质不好的人群，容易出现睡眠障碍。例如体重偏胖的人，夜间并发呼吸睡眠暂停综合征，明显地影响了睡眠结构，表现出早上睡醒头疼症状。
患有额窦炎的患者，也容易出现夜间呼吸不通畅症状，影响了大脑细胞的正常供氧，表现出上述不适症状。