咽拭子检测阴性表明什么，要具体分析。对患者的咽拭子做细菌培养其检测为阴性，此时可能提示患者无细菌性呼吸道感染，检测病毒感染一般不会做咽拭子培养，通常是检测其核酸。
例如在疫情期间，通常采咽拭子行新型冠状病毒核酸检测。如果咽拭子核酸检测阴性，可能此人未被新型冠状病毒感染，但也有可能因其它因素导致假阴性的结果。
故在疫情期间对患者的咽拭子查核酸检测时，通常需要联合新型冠状病毒特异性抗体检测，来提高其准确度。如果咽拭子核酸检测阴性，而且同时病毒抗体为阴性，则提示患者未被感染。如果咽拭子阴性，但其抗体为阳性，特别是IgM抗体为阳性，则提示患者感染了新型冠状病毒。