对于新冠肛拭子的检测，如果患者呈阴性，通常并不是表示患者排除新冠病毒肺炎，因为新冠肛拭子的检测阴性也有一定假阴性情况的可能性。
肛门拭子的检测通常采取直肠内的标本，是检查有无病原菌行之有效的方法，其准确率往往高于鼻拭子和口咽拭子。因为对于新冠肺炎病毒如果在消化道内停留，则相对停留的时间较长，会随着粪便排出体外，而有一部分病毒会停留在肠壁上。
如果检测到阴性并不一定代表着患者没有病毒的感染，还要进行口咽拭子、鼻咽拭子、血常规、肺CT等综合判断。