军团菌肺炎感染后果是否严重与病情是有关。对于轻症军团菌肺炎其病情并不严重，通过选择氟喹诺酮类或大环内酯类敏感的抗生素抗炎治疗，疾病多能逐渐的治愈。
但要注意，军团菌肺炎可合并有肺外表现，此时患者可以有神经系统、消化系统、肾脏、心脏、血液系统等多脏器的功能损害，此时病情变得严重。例如可能会继发肾炎、血管炎、心内膜炎、心肌炎、肝功能的损害、低钠血症、中毒性中枢神经系统损害等，患者病情也因此较为严重。
部分军团菌肺炎可形成重症肺炎，患者还可出现呼吸衰竭。军团菌肺炎一定要早期发现，早期积极的抗感染对症治疗，避免病情的加重。