结肠瘘的治疗方法取决患者实际的病情决定。对于出现结肠瘘的情况下，需要进一步的检查明确结肠瘘的原因。对于结肠瘘主要的原因为手术出现的并发症、外伤及肿瘤等原因引起。小的结肠瘘口是可以考虑放置双套管反复冲洗。
其次对于较大的结肠瘘是需要采取手术治疗，需要采取结肠双腔造瘘处理，同时需要针对腹腔内反复冲洗，结肠造瘘处理恢复则是比较快。其次在结肠造瘘后三个月左右可以把造瘘的结肠回纳入腹腔内。
如果患者为结肠癌引起的情况，术后需要及时采取化疗治疗。肠瘘不处理好是会出现腹腔内感染。