肺部真菌感染需要住院多长时间，要视患者的病情来定。引起肺部真菌的种类有很多，患者的病情亦有不一样，其检查和治疗的措施和疗程，也因此有不同。
例如肺部曲霉菌感染的患者，通过完善相关的检查，并予以抗真菌的药物对症治疗，患者有可能需要2~3周左右的治疗时间。待其病情稳定以后，再回家继续口服抗真菌药物的巩固治疗。
但对于部分肺隐球菌病的患者有可能继发脑部隐球菌感染。此类患者治疗时间会有明显延长，可能需要4周左右的时间才能使病情稳定。
故当发生肺部真菌感染时，要根据具体的病情，以及治疗的效果等因素来判断患者的住院时间，即便患者出院后仍然需要规范的足疗程的抗真菌治疗。