梅克尔憩室并不是由染色体异常造成的，该病是胎儿在发育过程中出现异常导致的。
引起该病的直接病因尚无不清楚，目前了解的常见状况是胎儿在胚胎第五、六周出现近端脐卵黄管先闭合，形成纤维条索后慢慢地消失，使中肠与脐完全分离。如果此时卵黄管尚未完全闭合，能够与回肠相通，就会在回肠的远端形成憩室，也就是梅克尔憩室。
由于该病的病因不十分清楚，因此孕妇做好产前的检查非常必要的。对于有可能出现的该病，在医生的建议下做好优生优育。