肛瘘一般情况下是由于肛门直肠周围感染所导致，是由于肛门直肠周围脓肿自行破溃，或者经手术切开引流后所产生的肛门周围皮肤与直肠的病理性通道。
另外，形成肛瘘的原因还包括直肠肛门的损伤，陈旧性肛裂裂口反复感染并发的皮下肛瘘，会阴部手术的损伤或者术后感染，结核杆菌感染造成的结核性肛瘘，炎症性肠病导致的肛瘘，包括溃疡性结肠炎、克罗恩病，还有肛门直肠周围恶性肿瘤并发肛瘘等。
肛瘘会出现反复的肛周流脓以及肿痛，治疗方法为手术治疗。