虹膜囊肿分为原发性的和继发性的虹膜囊肿，原发性虹膜囊肿多见于年轻人或中年人，也可以在出生后数个月就出现。早期没有任何临床症状或者视力受到影响，产生刺激，可以出现虹膜炎的表现，也可以引起青光眼产生眼球的胀痛，多发生于色素上皮的虹膜囊肿，为深棕色圆形或者是椭圆形的囊性小体。可以位于瞳孔缘、虹膜中周部或者是虹膜周边部。发生于基质的虹膜囊肿，多见于儿童，囊肿的前壁清晰，包含液体。有些囊肿可以脱落至前房、房角或玻璃体。
继发性虹膜囊肿最常见的是外伤植入性，是由于眼球穿通伤或内眼手术后结膜或角膜上皮，通过伤口进入前房，种植于虹膜并不断增生所导致的。虹膜囊肿可向后房伸展，于瞳孔区见到虹膜后有黑色隆起肿块，容易被误诊为黑色素瘤，当囊肿长大占据前房或者是堵塞房角时，引起难以控制的青光眼，目前多采用激光和手术治疗。