尿道口囊肿如果症状不是很明显，可以不用服药。可以用毛巾热敷促进囊肿吸收，然后观察囊肿吸收情况。如果恢复不佳，则需要服用头孢地尼等头孢类药物治疗，然后局部涂抹红霉素软膏治疗。其次平时还可以在医师指导下，服用活血类中药调理。
如果囊肿体积比较大，压迫尿道导致了排尿困难，就应当运用手术的方法，将囊肿剥离开吸出。手术后为了避免尿道粘连，建议保持尿道口清洁干爽，预防患有尿道口炎。
康复期间应当避免同房，否则会引起尿道口组织水肿，不利于尿道口组织恢复。