这需要根据马蹄肾的严重程度以及所产生的并发症，进行相应的治疗。一般情况下，马蹄形肾指的是肾脏下极相互融合在一起，而出现了肾脏的转位不良，因此马蹄形肾很容易出现肾积水、肾结石、上尿路感染以及肾功能损伤等等。
如果病人虽然有马蹄形肾，但是肾积水比较轻，没有腰痛症状，也没有肾结石、上尿路感染，肾脏功能又是正常的，这种情况无需治疗，只要观察就可以。
当病人单纯是有肾积水，导致腰痛症状，没有肾结石，肾功能也是正常，这种情况只要对马蹄形肾狭部切开，将两侧肾脏转位恢复接近正常，肾积水有可能就会减轻，病人的腰痛症状有可能就会消失。
如果马蹄形肾除了肾积水，还有肾结石以及上尿路感染时，这时候可能需要行抗炎治疗，控制炎症以后，然后可以进行手术治疗，同时还要对结石进行治疗。