检查巧克力囊肿前是不可以吃早餐的，以免对检查结果造成影响。
如果检查后确诊为巧克力囊肿时，应遵医嘱积极治疗，避免造成病情加重；目前为止，巧克力囊肿只有通过手术才能根治，但无论是药物治疗或手术治疗，均有相当高的复发率；因此，本病治疗方法有巨大的个体差异。
目前主张轻症患者选用药物积极治疗并定时随访复查，运用超声技术密切追踪卵巢囊肿的大小、性质变化，灵活调整治疗方案；目前认为以腹腔镜确诊，手术加药物为内异症治疗的最佳选择。