颅骨缺损绝大多数由颅脑外伤、颅内血肿、肿瘤等因手术去骨瓣减压引起，其它原因包括颅骨骨病，如嗜酸性肉芽肿侵袭破坏颅骨、颅脑肿瘤侵蚀破坏脑膜及颅骨引起颅骨的缺损。
无论何种原因引起的颅骨缺损，均需考虑是否要修补颅骨，如颅骨的缺损小于3CM者，可以不考虑行修补治疗。若发生在后颅凹的颅骨缺损，因颅骨缺损处肌肉较厚，颅骨的缺损处凹陷不明显，不易受伤，往往不需修补颅骨缺损。
其它部位的颅骨缺损若直径大于3CM者，建议在第一次手术三个月后，局部无破溃及感染，可以行颅骨缺损修补术。