很多贲门癌发展到中晚期阶段的时候，已经失去了根治性手术切除的机会。这个时候大多需要采用全身化疗的治疗手段控制病情的发展，往往需要采用两到三种化疗药物组成一个联合的化疗方案，共同杀伤贲门癌细胞。
如果贲门部位的癌肿比较大，常常会造成贲门梗阻或者贲门狭窄的表现，病人的进食会明显减少。
这个时候在给病人进行全身化疗的同时，还要注意给病人进行静脉的高营养治疗，可以将氨基酸、脂肪乳、蛋白质，各种糖、盐、离子等成分通过静脉补充到病人体内，以便维持病人基本的身体状态。