阴茎流脓一般不会自愈，观察到的流脓现象，提示致病菌急性感染形成的炎性分泌物，要考虑感染较重，在自身免疫作用下一般不会自愈。需要结合脓性分泌物涂片检查，明确感染的致病菌，再针对性给予敏感抗生素药物消炎治疗。
发生于不洁性行为后导致的流脓现象，要考虑是淋球菌感染，可给予头孢类抗生素药物口服或肌肉注射治疗，可及时控制感染，流脓现象可逐渐消失。
药物治疗期间需要增加饮水量，排尿过程中有利于炎性分泌物排出，既可改善尿痛、尿频症状，也有利于治疗恢复。