阴茎流脓一般存在感染。
如果流脓部位在阴茎尿道口，一般考虑为淋球菌性尿道炎。是一种性传播疾病，因为有不洁性接触以后出现淋球菌感染，其潜伏期一般在5~7天。除了尿道口流脓以外，还有尿频、尿急、尿痛的表现，通过分泌物脓液涂片和培养检查可以确诊。
如果流脓部位在阴茎其他部位，考虑为阴茎海绵体感染，这种感染一般多为表皮阳性球菌的感染。在流脓之前，可能会有阴茎海绵体部位疖肿，伴有局部红肿、疼痛，通过脓液培养可以明确病原体类型。