腹膜炎一般可以先选用三代头孢，如头孢曲松、头孢他啶、头孢克肟等。同时可联合使用甲硝唑、氯霉素等。等药敏试验结果出来后，根据结果看是否需要更换或加强使用其他抗生素。
由于常见的很多腹膜炎是由阑尾炎、胆囊炎等疾病，导致腹膜被感染引起。这类腹膜炎，在用上述抗生素的同时，还需治疗阑尾炎和胆囊炎等原发疾病。
另一类，是比较常见的腹膜炎，属于化学性腹膜炎，比如由胰腺炎引起。这类腹膜炎，最主要是用抑制胰分泌的药物，如奥曲肽等。由于腹膜炎是外科常见的急腹症，建议到医院系统治疗。