新生儿咽下综合征需要与新生儿自身的消化道出血，或者一些消化道发育异常相鉴别。由于新生儿在出生时，咽下产道母血或者污染的羊水，刺激胃黏膜，导致出生以后，或者吃奶以后引起来的呕吐。呕吐物可以是黏液或者是鲜血。
如果咽下的血量比较少，呕吐会是黑色。如果咽下母血比较多，需要与消化道出血相鉴别可以做APT试验鉴别。咽下综合征主要的表现就是出生后不久的呕吐，但是孩子一般的情况还是好的，多数不影响吃奶。
如果有贲门发育迟缓或者幽门痉挛，呕吐的症状会比较重。幽门痉挛出现呕吐的时间要晚一些，查体上腹部可以触到包块。