小儿室间隔缺损主要的原因是小儿在胚胎期受到母体影响或者外界影响所导致的。
小儿在胚胎期的时候，如果受到母体不良的生活方式，比如母体长期吸烟、饮酒、喝浓茶或者喝浓咖啡。可以导致先天性心脏疾病室间隔缺损发生。
另外，当在胚胎期的时候，胎儿受到外界细菌或者病毒的影响，或者其他病原微生物，比如支原体或者衣原体等，也可以导致心脏发育不良，或者如果受到外界的放射线影响，以及外面的环境污染，比如空气污染，都可以对胎儿造成一定的影响，有可能会导致先天性心脏病发生，也就是出现类似于室间隔缺损或者房间隔缺损等一些疾病。