膀胱囊肿的治疗方法需要结合囊肿大小、伴随症状以及病变性质决定。
由于膀胱囊肿测值较小，未造成压迫刺激以及梗阻症状，可暂不需要治疗，膀胱超声随访监测即可。
由于致病菌入侵膀胱感染引起的炎性囊肿，伴随排尿频率增多、排尿不畅等症状，可口服诺氟沙星药物抗炎以及萘哌地尔等药物对症治疗，炎症得到有效控制，囊肿可自行消散吸收而达到治疗效果。
由于膀胱囊肿过大，对膀胱造成较大的刺激或者是梗阻，从而影响正常排尿，发生急性尿潴留等症状，可考虑手术方式将膀胱囊肿切除。