由于致病菌感染引起的炎性囊肿，给予喹诺酮类药物，可以治疗好。感染得到有效控制后，炎性囊肿可逐渐吸收、消散。
膀胱黏膜囊性扩张形成的囊肿，属于良性病变，无特效药物治疗。较小的膀胱囊肿一般无伴随症状，对排尿无影响，可不做治疗，膀胱彩超随访监测即可。较大的膀胱囊肿影响正常排尿，容易伴随感染，可考虑手术方式将囊肿切除，从而起到治疗效果。
养成饮水习惯，可降低囊肿伴随感染的发病几率。定期地健康体检，一般可发现无症状的潜在病变，从而便于指导，尽早给予治疗。