门静脉血栓的治疗，主要与门静脉血栓的严重程度有关。
如果已经出现了组织坏死，此时需要进行急症手术治疗。如果症状相对较轻，可以尝试进行溶栓以及抗凝处理。但是存在出血以及血栓脱落的风险，需要动态地进行监测。另外，也可以选择取栓的手术治疗，目前大多采用的是微创的介入手术。何种治疗方式还需要进行全面检查，具体评估以后才能够确定。
但是要注意，如果是肝硬化等疾病造成的，患者本身存在凝血功能障碍，在治疗时尤其要警惕出血的可能，应用抗凝或者是溶栓药物的风险性更高，应当更加慎重。