卵巢囊肿会导致宫外孕的发生。当卵巢囊肿的体积较大，压迫输卵管时就可能会影响输卵管的管腔通畅，受精卵在输卵管内运行受阻，受精卵就在输卵管着床发育而发生宫外孕。宫外孕也叫异位妊娠，指的是受精卵在子宫腔以外着床。
受精卵在子宫腔外着床的部位不同，可以分为输卵管妊娠、卵巢妊娠、腹腔妊娠、阔韧带妊娠和宫颈妊娠，输卵管妊娠最多见。
输卵管妊娠的主要原因就是输卵管炎症，其次还有输卵管妊娠史或手术史、输卵管发育不良或功能异常、避孕失败、辅助生殖技术等。